托马斯·穆勒迎来第二个职业赛季，租借期满回归的托尼·克罗斯则是第二次向拜仁主力阵容发起冲击。2009年初，克罗斯因为在克林斯曼手下得不到机会而租借加盟勒沃库森。在拜耳竞技场的一年半里，克罗斯找到了踢德甲的感觉，并凭借上赛季的出色发挥入选了德国队世界杯阵容。
相比于两年前的夏天，克罗斯如今在拜仁的前景显得光明得多。刚刚回到慕尼黑，克罗斯就迫不及待表达了自己的愿望，“我可不是说想首发60次进50球，而是想尽可能多地参加比赛，而且成为球队的重要一员。租借到勒沃库森的一年半时间，无论对我、对勒沃库森还是对拜仁都有帮助，我比当初离开拜仁时成熟了。”
当初离开拜仁时，克罗斯带着对克林斯曼的怨气。克林斯曼在2008-09赛季德甲首轮和汉堡的比赛中让克罗斯首发，但接下来后者和主力阵容却渐行渐远，只能在替补席打发时间，克林斯曼对此还完全不作出解释。加盟勒沃库森后，克罗斯也并非立刻迎来转机，直到上赛季初巴西中场雷纳托·奥古斯托受伤后，他才抓住机会，在老帅海因克斯手下迅速成长为球队的进攻组织灵魂。
正是因为在勒沃库森过得很开心，又对当初在拜仁的日子心有余悸，克罗斯一度有些不愿意返回拜仁，勒沃库森也一直没有放弃挽留克罗斯的努力。但范加尔要克罗斯回归的态度非常明确，而且在亲自和他交谈时，明确指出他在新赛季将出现在中场中路，这是克罗斯最擅长也是最喜欢的位置。克罗斯相信，范加尔能像海因克斯一样，给自己的成长带来帮助。
南非世界杯上，克罗斯并没有突出表现。由于三个进攻型中场位置被波多尔斯基、厄齐尔和穆勒牢牢占据，克罗斯被勒夫看作是后腰位置的第一候补，可是防守并非他所长。和西班牙的半决赛，克罗斯替补出场却错失了德国队整场最佳机会，之后西班牙队就由普约尔头球破门，挺进决赛。克罗斯承认：“这的确是一次好机会，但之所以被那么频繁地谈论，是因为那是德国队整场唯一的机会。”
拜仁10号罗本对克罗斯称赞有加，“他在过去一个赛季效力勒沃库森时表现出色，拜仁需要他，他是位出色的球员，能帮助球队。”拜仁队中并没有和克罗斯特点相近的球员，他的“10号位”看起来相当稳固。但在要求严苛、战术多变的范加尔手下踢球，克罗斯不能有任何大意。克罗斯否认自己要和穆勒竞争，“我们完全可以并肩作战。”
克罗斯表示自己会努力保持致命一传和远射的特长，同时希望凭借在拜仁的出色表现，向国家队队友厄齐尔发起挑战。有趣的是，厄齐尔如果新赛季留在不来梅，将会和克罗斯的弟弟并肩作战，司职前锋的费利克斯·克罗斯今夏从降入德丙的罗斯托克转会而来。
