被外界关注许久之后，伊涅斯塔还是因伤退出西班牙国家队、由此无缘今夏联合会杯。6月4日，伊涅斯塔来到国家队报到。5日，国家队队医为其进行了全面检查。结果显示，伊涅斯塔右大腿股四头肌伤势严重。小白伤退之后，老帅博斯克火速征召此前没有任何级别国家队经历的瓦伦西亚小将巴勃罗·埃尔南德斯入替。
“不能参加联合会杯，对我是个沉重的打击，我很想参加这一赛事。但没办法，我只能接受这个结果。我不想此事引发任何争论。”离队前，伊涅斯塔沮丧地说道。
国家队队医塞拉达则从世界杯的角度解释了巴萨中场此番被迫退出的合理性，“如果在恢复过程中大意，伊涅斯塔再次受伤的可能性非常高。我们不能冒险，这会损害巴萨和我们自己的利益，这种伤病闹不好便会让球员错过明年的世界杯。”
据塞拉达介绍，伊涅斯塔受伤的具体位置，是右大腿股四头肌中一块连接肌肉的软骨小隔膜，它不像肌肉那样容易恢复，且韧性也没有肌肉那么好。一旦受伤，便很难像肌肉那样迅速长好。
塞拉达还解释说，国家队之所以坚持亲自检查伊涅斯塔的伤势，并非是不相信巴萨队医的报告，而是因为此伤极具欺骗性，“这种伤可以让你正常跑动，根本看不出受伤迹象。但你射门时，一定会触及这一部分，这就是伊涅斯塔在欧冠决赛中的经历。普罗辛内斯基和伍德盖特都是这种伤病的受害者。”5月27日，在与曼联的决赛中伊涅斯塔虽打满90分钟，但最后20分钟他已明显感觉不适，并因此没有一次射门。
伊涅斯塔缺席后，博斯克将前者的6号球衣交给了瓦伦西亚年轻边锋巴勃罗·埃尔南德斯。对此，他表示：“当博斯克给我打电话时，我正在卡斯蒂利翁的海滩，正准备和家人去加的斯度假。”
不过，虽然堪称“纯粹的新人”，但巴勃罗却对斗牛士军团并不陌生，因为本期国家队共有6名瓦伦西亚队员入选，“我几乎认识所有人，大家对我很好，没人拿我当新人来欺负。我希望他们忘记我是新人，也希望自己能弥补伊涅斯塔留下的空缺。”
9日，西班牙将远赴阿塞拜疆，与该国国家队进行一场友谊赛。皮克、塞尔吉奥·拉莫斯、普约尔和席尔瓦4名伤号将不会参战。此后，新科欧洲冠军将前往南非备战联合会杯，他们将在6月14日迎来第一个小组对手新西兰。日前，西班牙足协已公布了球队参加联合会杯的号码，比利亚和托雷斯继续身披7号和9号战袍，10号球衣则属于法布雷加斯。
