与莫里尼奥一样，自信的博阿斯也希望能早日自立门户。对此，当年颇得恩师范加尔鼓励的莫里尼奥也非常支持。范加尔坚持莫里尼奥无须再从助教开始职业教练生涯，只须接受主教练职位即可。博阿斯也是如此，2008年莫里尼奥加盟国际米兰时，博阿斯已心生单飞之意。狂人一样表示只要有合适的主教练职位，一定放行。
2009年国际米兰卫冕意甲后，博阿斯决定离开，很快就找到了最合适的位置：葡超劲旅科英布拉大学在2009/10赛季前7轮3平4负未尝胜绩，积分垫底。博阿斯临危受命，以32岁成为科英布拉历史上最年轻的主帅。随后的23轮，科英布拉虽然后程伤病过多也有7轮不胜的遭遇，但博阿斯带队豪取8场胜利，包括主场2比1力克豪门里斯本竞技，最终竟以33分高出降级区10分的成绩成功保级，甚至还杀入联赛杯半决赛，只是因实力不济1球客场惜败于波尔图。博阿斯给科英布拉带来的不仅是好成绩，更是战术风格上的新气象，一个赛季过后，他的攻守平衡理念让这支资质平平的球队受益匪浅，至今仍在葡超稳居中游。
博阿斯的成功引发了整个葡萄牙国内的关注，早在2009年11月，刚炒掉保罗·本托里斯本竞技就向他伸出了橄榄枝。当时绿狮军团开出双倍年薪，外加联赛夺冠50万欧元奖金，杯赛夺冠30万欧元奖金的丰厚条件。最终，是波尔图主席平托·达科斯塔以3倍年薪和情感攻势，在2010年6月成功签下“莫里尼奥二世”。为此，波尔图付出了41万欧元的违约金，博阿斯的年薪从22万涨到65万欧元，合同为期两年。谈及这笔“冒险”交易时，达科斯塔这样表达自己的信心：“没错，他是波尔图历史上最年轻的教练，但要知道，我从16年前就已了解他了。博阿斯是最适合波尔图的教练，这方面我从未怀疑过他。”
果然，12月28日，在博阿斯率队28场不败成绩结束本赛季半程并有望带队问鼎3项冠军后，达科斯塔果断与博阿斯续约一年。彼时，博阿斯已是整个欧洲胜率最高的教练，甚至超过了巴塞罗那名帅瓜迪奥拉和他的恩师皇马主帅莫里尼奥。要知道，在达科斯塔任内，还没有任何一位教练能有就职区区半年就能得到续约的优遇——包括莫里尼奥在内。新的合同到2013年6月，年仅33岁的博阿斯，从此成为葡萄牙四大少帅之首(其他3位分别是42岁的葡萄牙国家队主帅保罗·本托，42岁的布拉加主帅帕森西亚，以及40岁的科英布拉主帅豪尔赫·科斯塔)。
与7年前莫里尼奥的那支波尔图一样，整个葡萄牙都在期盼，“莫里尼奥二世”的新波尔图能重现当年豪取三冠的雄风。
